Avec l'installation des chaleurs estivales et la baisse du niveau des eaux dans la Loire et les rivières, des cyanobactéries sont susceptibles de se développer dans les zones où le courant et la profondeur sont faibles et où la transparence de l'eau laisse entrer les rayons du soleil. La surveillance du milieu dans le département a permis de détecter l’apparition sur la Loire de petits amas d’algues noirs flottants au gré du courant et s’accumulant derrière les obstacles. Les analyses montrent que ces amas sont constitués en grande partie d’algues filamenteuses, mais contiennent également des cyanobactéries benthiques, productrices possibles de toxines potentiellement dangereuses pour les animaux domestiques.